Zum vielfältigen Veranstaltungsangebot in Český Krumlov gehören auch bedeutende Sportveranstaltungen. Eine von ihnen ist der landesweit teilnehmerreichste Flussmarathon, an dem reine Amateure sowie in- und ausländische Elite teilnehmen. Die erste Ausgabe des Krumlov-Wassersportmarathons fand im Jahr 2003 statt. Die Organisatoren ließen sich vom Wassersportmarathon im französischen Ardèche-Canyon inspirieren, verlegten ihn jedoch nach Südböhmen, an die Moldau.
Der Marathon startet immer in Vyšší Brod oder Rožmberk nad Vltavou und endet in Český Krumlov, wo die Teilnehmer alle berühmten Wehre von Krumlov bis zum Ziel an der Uferpromenade beim Brauerei passieren. Die Teilnehmer legen 36 bzw. 26 Flusskilometer zurück. Die Teilnahme am Rennen ist nicht beschränkt, und neben den Spitzenathleten kann wirklich jeder am gemeinsamen Rennen teilnehmen. Auf der Moldau treten die Teilnehmer in Kajaks, Kanus, aber auch in Rafts, Kähnen und Paddleboards gegeneinander an.
Krumauer Wassermarathon bietet ein reiches Begleitprogramm für eine breite Öffentlichkeit und vergisst auch die jüngsten Besucher nicht.