Kláštery v historickém centru Českého Krumlova se řadí mezi nejvýznamnější a nejzajímavější středověké klášterní areály ve střední Evropě. Tento unikátní komplex byl založen v roce 1350 mocným českým rodem Rožmberků jako sdružený klášter minoritů a klarisek, k nimž zanedlouho přibyly laické sestry bekyně. Vznikl tak unikátně zachovaný soubor trojklášteří, který se rozkládá na téměř pětině historického jádra města a je po zámku druhým největším a nejvýznamnějším památkovým objektem v Českém Krumlově.
Klášterní museum odkrývá návštěvníkům příběh tohoto výjimečného areálu a zároveň prezentuje život a umění v autentickém prostředí jednoho ze tří klášterů, v bývalém mužském klášteře minoritů, který je od roku 1998 společně s klášterním kostelem a zahradami ve vlastnictví Rytířského řádu Křižovníků s červenou hvězdou.